index.php entfernen Problem

Also ohne die Option bekommst du "No input File" und mit Wird alles zur Startseite geleitet?
Bitte deaktiviere nochmal diese Option und prüfe ob am Anfang nicht nur die htaccess outdated war.

Du nust Apache + FastCGI ?
Was für einstellungen hast du?

Kannst du mir eine Test installation anlegen zu der ich zugange bekommen kann?