index.php entfernen Problem

Also ohne die Option bekommst du "No input File" und mit Wird alles zur Startseite geleitet?
Bitte deaktiviere nochmal diese Option und prüfe ob am Anfang nicht nur die htaccess outdated war.

sogar das neu installieren des plugins bringt nix.

Du nust Apache + FastCGI ?
Was für einstellungen hast du?

Gute Frage bin bei einem shared hoster domainfactory

Kannst du mir eine Test installation anlegen zu der ich zugange bekommen kann?

Daten per Unterhaltung sind raus.