Ich habe wohl einen Workaround gefunden.
Weil der blöde cgi bei dem rewrite die PATH_INFO scheinbar entfernt gebe ich diese selber mit.
RewriteRule ^(.*)/ index.php [QSA,L,E=PATH_INFO:$1]
Dann werde ich überprüfen ob PATH_INFO leer und REDIRECT_PATH_INFO gesetzt ist und weise die PATH_INFO zu.
Damit funktioniert das dann...